Latin Doğu'nun mirasçılarından Kıbrıs, Ortaçağ'dan kalma mirasının zenginliği nedeniyle ayrıcalıklı bir konuma sahiptir. Güçlü şehir surları, gotik kiliseleri, kaleleri ve taşınır eski eserleri tarihi kültürümüzü bu günlere kadar getiren ve zenginleştiren kültürel miras örneklerinden yalnızca bazılarıdır. Latin soylu, varlıklı ve din adamlarının kilise ve katedrallerin zeminine gömülme geleneği nedeniyle kültürel mirasımıza kazandırılan tasvirli mezar taşları, Kıbrıs Lüzinyan Dönemi sosyal yaşantısının ve sanatının daha iyi anlaşılabilmesine yardımcı olmaktadır.
Mezar taşlarının korunmasında bugünkü nesil, Osmanlı Evkat İdaresi yöneticisi Sir Mehmet Münir Bey'e (1890 -1957) ve İngiliz yönetimindeki ilk Eski Eserler Küratörü, George Jeffery'e (2 Nisan 1855 - 4 Nisan 1935) çok şey borçludur. Sir Münir, Evkaf Yöneticisi olarak, İngiliz hükümetine adadaki eski eserleri koruma konusunda yardımcı olmuştur. Jeffery ise Eski Eserler Küratörü olarak atanmasından ölümüne dek, Kıbrıs'taki eski eserlerin korunması için çalışmış ve birçok eserin günümüze ulaşmasını sağlamıştır.
Kıbrıs'taki ingiliz egemeliğinin başlangıcında, Ortaçağ eserlerini sergileyecek müze alanı eksikliği bulunmaktaydı. Jeffery, İngiliz yönetiminden Lefkoşa'da bir Ortaçağ Müzesi oluşturulması için yardım talebinde bulunmuştu. Müze için ise depo olarak kullanılan Bedesten'in kuzeydoğu şapelini belirledi. Ancak bu fikir kaynak yetersizliği nedeniyle reddedildi.
1935 yılında, Ömerge Camii (St. Agustin Kilisesi)'nin yeniden inşaasında ortaya çıkan yapısal bir hasar nedeniyle, Sir Münir, kilise zemin katında yatan mezar taşlarının alınmasını öngörmüş ve bunları Lefkoşa'daki Bedesten ve Kastelliotissa'ya yerleştirmiştir. Sonraları Bedesten'de bulunan Ömerge Camii'nden gelen taşlar, Kastelliotissa'da depolanmış ve oradan Limasol'daki yeni Ortaçağ Müzesi Kastro'ya götürülmüştür.
1948'de Evkaf İdaresi ve Dönemin Eski Eserler Müdürü A.H.S Megaw, Selimiye Camii'nin zemininden temizlik nedeniyle halıları çıkarmaya karar vermişlerdir. Bu, zemin üzerindeki zenginliklerin ilk kez göz önüne gelmesine sebep olmuştur. Eski Eserler Dairesi, Selimiye Camii'ndeki her mezar taşının bulunduğu yerin ayrıntılı bir şemasını üretmiş, her birini bir sayı ile tanımlamış ve böylelikle tasvirlerin ilk ve tek seferde oluşturulan tam listesi ortaya çıkmıştır.
Dönemin müze açılış hazırlıkları kapsamında; Selimiye Camii'nde bulunan tasvirli mezar taşlarının bir kısmı Bedesten kuzeydoğu şapeline kaldırılmıştır. Günümüzde taşların bir çoğunda Selimiye Camii'sine ait lokasyon numaraları halen görülebilmektedir. Kaldırılan taşların yerlerine ise düz plakalar yerleştirilmiştir. George Jeffery'e göre Bedesten'deki bazı parçalar Arabahmet Camii ve Lüzinyan Kralları'nın son sarayı olan ve şu anda yıkılan konak binasıda dahil olmak üzere Lefkoşa'daki birçok bölgeden toplanmıştı. Bu, Bedesten'in tüm taşlarının Selimiye işaretlerini taşımamasının nedeni olabilir.
1948 yılında mezar taşları şimdiki yerlerine sabittendi ve müze 1963 yılının sonlarına kadar halka açık kaldı. Son ellialtı yılda genel olarak ziyarete kapalı olan müze, KKTC Eski Eserler ve Müzeler Dairesi'nin başlatmış olduğu konservasyon ve iç düzenleme çalışmalarının sonucunda 22 Mayıs 2019'da ziyarete açılmıştır.
Şu anda kapalıdır.