St. Barnabas Kilisesi ve Manastırı Salamis Nekropolü'nün batı ucunda yer almaktadır. Manastıra adını veren St. Barnabas'ın kişiliği ve çalışmalar tarihi kaynaklara dayanır.
St. Barnabas, Salamis'te doğmuş yahudi bir ailenin oğlu olup, egitimini Kudüs'te yaptıktan sonra Kıbrıs'a dönmüş ve M.S. 45 yılında St. Paul i1e birlikte hiristiyanlığı yaymak için çalışmalara başlamıştır. Bu çalışmalarından dolayı, kendi vatandaşları Yahudiler tarafından öldürülür ve cesedi, geceleyin taş bağlanarak denize atılmak üzere bataklığa saklanır. Bu olayları izleyen St. Barnabas’ın öğrencilerinden bir kısmı, cesedi gizlice alıp, Salamis'in Batısı'nda bir harup ağacının altındaki yeraltı mağarasına gömerler ve göğsüne de beraberinde taşıdığı St. Mathews'un yapmış olduğu İncil'in kopyasını koyarlar. Durumu öğrenen Yahudiler öğrencileri Lefkoşa'nın Paraskevi Mağaraları'na kadar kovalarlar ancak izlerini kaybederler. Öğrenciler de Karavostasi Limanı'ndan hareketle Mısır'a kaçarlar, Kıbrıs'ta cesedin yerini kimse bilmediği için, ceset uzun süre gizli kalır.
432 yıl sonra Piskopos Anthemios rüyasında cesedin saklı olduğu yeri görür ve mezarın açılmasını emreder. Mezar açılınca, cesedin göğsündeki St. Mathews incilinden, cesedin St. Barnabas'a ait olduğu anlaşılır. Piskopos Anthemios, St. Barnabas'in kemiklerini ve İncil'i İstanbul'a götürüp, İmp. Zeno'ya sunar, bunun üzerine İmp. Zeno da Kıbrıs Kilisesi'nin özerkliğini ilân edip, St. Barnabas'ın bulunduğu yere bir manastır inşa edilmesi için para bağışında bulunur. Manastır M.S. 477 yılında inşa edilir. Bugünkü şekli ise, 1756 (Osmanlı devri) yılında Başpiskopos Philotheos tarafindan verilir.
1974 Barış Harekâtı sonrasında, gönüllü olarak kalan üç kardeş papaz nedeniyle Manastır ve Kilise burada eski işlevini devam ettirir. Ancak, yaşlılık ve hastalıktan dolayı üç kardeş papazın 1976'da Güney'e geçmesiyle burası orijinal şekli ile korunarak ziyarete açılır ve Manastır dahilindeki Kilise'de çeşitli ikonlar, duvar resimleri ve diğer malzemeler teşhir edilir. 1991 yılının Ağustos ayında St. Barnabas Manastırı ve Kilisesi, Eski Eserler ve Müzeler Dairesi tarafindan restore edilmeye başlanır. Manastır dahilinde içinde ikonların sergilendiği kilise, restore edilerek yeni ikonların da teşhiriyle daha kapsamlı bir İkon Müzesi'ne dönüştü- rülmüştür 1992. Manastır odaları yeniden düzenlenerek Arkeoloji Müzesi'ne, giriş kısmındaki odalar ise idari bölüme dönüştürülmüştür. Ayrıca, iç avluya taş kaplanarak yeni bir çevre düzenlemesi getirilmişir.